Vielleicht ein blöder Hinweis, aber ist einem Freund von mir tatsächlich so ergangen: Bei stellte sich nach einer Reparatur ebenfalls ein deutliches Klappern ein - war ein alter Golf. Mehrmals gesucht, nichts gefunden. Beim Wechseln der Batterie stellte sich Monate später heraus, dass ein Schraubenschlüssel hinter die Batterie gefallen war. Der konnte da nicht weg, klapperte aber heftig direkt auf Metall, wodurch es sich sehr gut hörbar zeigte.
Liegt vielleicht irgendein Werkzeug an einer Stelle im Motorraum?
Ansonsten: Wann und wie klappert es? Auch im Stand, wenn der Motor läuft? Ist es drehzahlabhängig? Klappert es beim durchfahren von Schlaglöchern? Mit und ohne eingelegtem Gang?