Wie schon erwähnt darf das nicht passieren.Wenn du jetzt noch eine transparente Leitung hättest die vom Tank in den Filter geht könnte man nachschauen ob die Pumpe nur zuwenig fördert,was eigentlich nicht sein kann da keine Luft im System sein darf,oder ob die Pumpe zu früh Luft zieht.
Da seit einigen Jahren CR-Diesel eine Idiotenschaltung (O-Ton Fordmechaniker) haben die den Motor abschalten bevor die Spritpumpe Luft ansaugt dürfte das was dein Auto macht nicht mehr vorkommen.Ich vermute das bei deinem Pumpen-/Gebermodul irgendwo auf der Höhe der viertel Tankfüllung eine undichte Stelle ist und dort Luft angezogen wird. Ist der Tank bis über diese Stelle mit Sprit gefüllt zieht es Diesel und wenn der Pegel darunter absinkt zieht die Pumpe Luft bis der Filter leer ist und die Pumpe meckert weil der Druck zu niedrig wird.
Mein Vorschlag um die Dichtigkeit der Pumpe zu prüfen,das Teil ausbauen und an eine Batterie anschliessen und aus einem Eimer oder einer Wanne Diesel pumpen und dabei die Pumpe in verschiedenen Höhen halten um zu schauen ob sie irgendwo anfängt Luft zu ziehen ohne das der Ansaugschnorchel in der Luft hängt.Idealerweise sollte dabei die originale Spritleitung verwendet werden,oder diese zumindest vorher auf Löcher oder Risse prüfen.Wird eine @#$%&arbeit,aber die relativ einfachen Sachen wurden ja schon erledigt.

Gerade noch eingefallen,wenn man von der Filterseite aus vorsichtig mit Pressluft in die Leitung bläst sollte eine undichte Stelle auffallen.