Natürlich das Autohaus darauf hin ansprechen, sprich Reklamieren.
Im Normalfall werden sie ohne Theater die Spuren auspolieren was "normalerweise" kein Thema ist und keine Spuren hinterlässt.
Falls tiefere Kratzer drin sind kannst auf eine Teil- (da Dein Lack noch relativ neu ist dürfte dies für die Werkstatt bzw. eine prof. Lackiererei kein Thema sein) oder Volllackierung der Heckklappe pochen.
Hierbei ist es egal ob Du was für das Entfernen bezahlt hast oder nicht, zumal es das Autohaus verbockt hat und nicht Du.

Hatte mal zwei Dallen in der Heckklappe von meinem A4 die definitiv vor dem in die Werkstatt bringen nicht drin waren und vom öffnen der Heckklappe in einem Unterstand her rühren in dem er in der Werkstatt stand.
Nach ein bisschen laut werden in der Firma klappte die Beseitigung auf einmal doch auf AH Kosten....

Also nur nicht alles zum Friedenwillen so einfach hin nehmen.

Ich würde den Ansprechpartner der Werkstatt piesacken mit so nem Spruch: "Also wenn ihr nicht mal so`n läppiges Schildchen spurlos & akkurat entfernen könnt, wie führt Ihr dann erst die Inspektion an meinem 30.000Euro teuren Auto aus??

..Das weckt den Ergeiz vor allem wenn vor der Türe noch andere Kunden warten!

Viele Grüße Koppi