Schon mal den Common Rail Einspritzdruck messen lassen ?
Evtl. schließt das Rücklaufventil der Einspritzpumpe nicht immer sauber und dann gibt's einen Druckabfall (kurzzeitig).
Müsste aber im Fahrbetrieb gemessen werden, wenn dann ein Aussetzter/Ruckler passiert kann man feststellen ob es daher kommt.

Gruß
Stefan